L'Orto dei Cappuccini fu realizzato nel 1595 sulla collina ad ovest dell’Anfiteatro romano. Il Convento dei frati possedeva una vasta estensione di terreno adibita ad orto per la coltura delle piante officinali, al cui interno si trovavano alcune antiche cisterne di epoca romana.
Da vico I Merello si accede nella vasta area denominata “Orto dei Cappuccini”. Dal 1595, i frati Cappuccini avevano fondato sulla collina ad ovest dell’Anfiteatro il loro primo convento sardo, dotato di un vasto terreno adibito ad orto, ed inglobando nei loro terreni alcune antiche cisterne. Il convento crebbe rapidamente, al punto che, nel 1649, includeva ben 65 celle per i frati, oltre alle cucine e al refettorio. La presenza di un lanificio, di un infermeria e di un vasto orto per la coltura delle piante officinali, era reso possibile solo grazie alla disponibilità di una grande quantità d’acqua, garantita soprattutto dalla presenza di un pozzo dentro al quale, grazie ad una complessa opera di canalizzazione idrica, confluiva l'acqua piovana. Il padre cappuccino Giorgio Aleo, autore di una famosa “Storia Cronologica di Sardegna” riferisce una notizia relativa alla pestilenza cagliaritana del 1656, che probabilmente riguarda il cisternone dell’Orto dei Cappuccini. L’Aleo scrive infatti che negli ultimi giorni di maggio del 1656 la mortalità a Cagliari era diventata così elevata, che non vi erano “fossori” a sufficienza per seppellire i morti. Di fronte al crescente numero di cadaveri insepolti il magistrato di sanità decise allora di far “tumulare” i morti in pozzi e cisterne: ed i morti del quartiere di Castello finirono “in un antico cisternone vicino ai Cappuccini”.
Nell'orto dei cappuccini, ora di proprietà comunale, si aprono varie monumentali cisterne scavate nella roccia calcarea, per lungo tempo attribuite a periodo punico. Si tratta, invece, di cave di blocchi aperte forse nel I-II secolo d.C., per la costruzione del vicino anfiteatro romano. Esse furono adibite a cisterne solo in un secondo tempo, una volta impermeabilizzate con il cocciopesto (un intonaco di calce mista a cocci triturati). La più ampia poteva contenere fino a un milione di litri d'acqua piovana, proveniente dall'anfiteatro attraverso un lungo cunicolo sotterraneo ancora percorribile. Varie prospezioni effettuate nel 1997 da Gruppo Speleologico Specus hanno consentito di appurare che la cavità subì già in passato un ulteriore riadattamento a carcere, come testimoniano le numerose anelle osservabili lungo le pareti, destinate al fissaggio delle catene. In corrispondenza di una di queste è stato scoperto un importante graffito paleocristiano, forse risalente agli inizi del IV secolo d.C. Si tratterebbe, secondo un'ipotesi, di un'immagine simbolica della Navicula Petri, la nave della chiesa, con l'albero della vela costituito da una croce monogrammatica e sul ponte i dodici Apostoli, "pescatori di uomini", schematicamente rappresentati nel salpare la rete. L'autore andrebbe probabilmente individuato in uno sconosciuto martire cristiano, detenuto prima di essere ucciso forse nei giochi dell'anfiteatro.

Edificata tra il 1665 e il 1667 in stile barocco, è sede dell'Arciconfraternita del Santissimo Crocifisso, attiva nell'organizzazione dei riti della Settimana Santa.

L'oratorio del Santissimo Crocifisso è una chiesa del quartiere Villanova, si affaccia su piazza San Giacomo e risulta adiacente alla chiesa omonima. Il piccolo tempio, in stile barocco, venne eretto nella seconda metà del Seicento sopra un edificio preesistente. La facciata è divisa in due specchi e su ciascuno specchio si apre un portale. All'interno spicca un maestoso altare maggiore in legno dorato e sono custodite anche le statue settecentesche, "Is Misterius", opera di Antonio Lonis e utilizzate nelle processioni della Pasqua. 

Negli anni Settanta accanto al Borgo Sant'Elia è stata costruita un'area nuova, lungo la via Schiavazzi, a breve distanza dall'omonimo stadio.

Il quartiere Sant'Elia, il più meridionale della città, si estende a ridosso di un'area paludosa, vicino al faro omonimo. In passato era l'antico borgo dei pescatori. A partire dagli anni Settanta la zona è stata oggetto di un processo di sviluppo urbanistico che ha portato alla costruzione di nuovi alloggi popolari, il complesso del Favero, formato da quattordici blocchi collocati intorno a tre piazze. Fu realizzato anche lo stadio per sostituire il vecchio Amsicora. 

Numerose indagini archeologiche hanno documentato una continuità di frequentazione ed uso dell'area di Tuvixeddu dalla preistoria fino ai nostri giorni, con un'infinità di testimonianze: sepolture e corredi funebri, pitture parietali, letteratura e aneddoti popolari. Scavi clandestini, lavori edilizi e indagini condotte frettolosamente, tuttavia, hanno causato la perdita di informazioni e dati fondamentali per ricostruire la storia di questo sito.
La scoperta di reperti in selce ed ossidiana, databili tra il VI e il V millennio a.C. e rinvenuti tra la laguna di Santa Gilla e il vicino colle di Tuvixeddu, testimonia la presenza umana sin dal Neolitico Antico.
La necropoli fenicio-punica, la più vasta di tutto il bacino del Mediterraneo, si sviluppa tra il VI e il III secolo a.C., attraverso l'escavazione nella roccia calcarea di sepolture, prevalentemente del tipo a pozzo e con profondità variabile tra gli 8 e i 3 m, destinate a ospitare i defunti inumati. Il grande interesse archeologico della necropoli di Tuvixeddu risiede anche nella sua capacità di documentare, attraverso esempi rari in tutto il mondo punico, una tradizione di pittura parietale di matrice nord-africana.
Nelle pitture, datate tra il IV e III secolo a.C., sono rappresentati elementi decorativi floreali, come fregi di fiori di loto e palmette, ma anche serpenti urei, gorgoni, motivi geometrici. Di particolare rilievo la Tomba del Sid, dove la rappresentazione pittorica trova significative corrispondenze con l'omonima divinità sardo-punica venerata nel Tempio di Antas, e la Tomba dell'Ureo, impreziosita da un raffinato fregio pittorico in cui spicca la figura del serpente cobra alato. 
Nei secoli successivi, la necropoli fu ulteriormente ampliata alle pendici del colle, dove i Romani scavarono sepolture a camera, ad incinerazione e a fossa. Ci sono anche tombe monumentali appartenenti a personaggi illustri.
Nei secoli moderni, ed in particolare durante tutto il XIX secolo, l'area è stata utilizzata per scopi industriali e abitativi. La testimonianza più importante è data dal sistema di ville borghesi che cingono il colle di Tuvixeddu e la necropoli, come il bel caseggiato in stile Liberty della Villa Mulas (già Massa), risalente ai primi del '900.

Il Museo Ferroviario, situato all'interno della stazione ferroviaria al centro della città, in via Sassari, con le sue numerosissime testimonianze rappresenta le più importanti fasi della storia delle ferrovie in Sardegna. Fu creato con lo scopo di offrire una testimonianza di archeologia industriale delle Ferrovie Reali Sarde fino ai giorni nostri.

I lavori della rete ferroviaria ebbero inizio nella seconda metà dell'ottocento, su progetto dell'ingegnere Benjamin Piercy, e portarono alla realizzazione di 400 km di rete a scartamento normale, alle quali si aggiunsero in seguito quelle a scartamento ridotto. Il museo, che raccoglie innumerevoli testimonianze della storia sarda delle ferrovie, espone svariato materiale, come fotografie d'epoca, un telegrafo delle Ferrovie Reali, macchinari, un modello funzionante della nave traghetto Gennargentu, lampade, orologi, strumenti di lavoro ferroviari. Il pezzo più interessante è, probabilmente, un salotto proveniente dal treno reale sardo, molto caratteristico, dotato di poltroncine realizzate appositamente per la statura del re Vittorio Emanuele III.

Inaugurato nel 1999, il museo testimonia l'identità dei cittadini cagliaritani di origine genovese. Infatti, è situato nelle adiacenze della chiesa dedicata ai santi patroni del capoluogo ligure Giorgio e Caterina, costruita a spese dell'arciconfraternita, dopo la distruzione di quella storica durante i bombardamenti del 1943. Gli oggetti del corredo liturgico dell'antica chiesa, recuperati dalle macerie ad opera dei confratelli, sono ora custoditi ed esposti all'interno del museo. Tra i pezzi più pregiati figurano: la "Madonna della città", opera seicentesca di scuola genovese; "Cristo e Maria offrono il rosario ai frati domenicani" di Giovanni Bernardino Azzolino; la "Deposizione di Cristo", di Gioacchino Assereto; il gruppo ligneo della cassa processionale del "Martirio di Santa Caterina", realizzato da Giuseppe Anfosso; l'ostensorio in argento e rame dorato del '700 e la pianeta con le effigie dei Santi Giorgio e Caterina e lo stemma di Genova. L'arciconfraternita conserva inoltre un ricco archivio, contenente documenti a partire dal secolo XVI, tra i quali lo storico statuto scritto in italiano volgare.

Il museo è testimonianza della storia della Parrocchia di Sant'Eulalia, una delle più tradizionali di Cagliari e del quartiere della Marina, dove è ubicato.
Nelle sue sale espositive ospita una vasta raccolta di opere pittoriche e lignee, argenti, paramenti e un archivio storico.
Tra i dipinti si segnala l'Ecce Homo (olio su tela bifacciale), raffigurante Gesù flagellato, attribuito a Giovanni Bilevelt, pittore di origine fiamminga della prima metà del XVII secolo. Notevole, inoltre, la Madonna con Bambino, tavola trecentesca di scuola toscana.
Tra le opere lignee, oltre a manufatti sei-settecenteschi di intagliatori anonimi sardi e di botteghe napoletane, merita menzione la Madonna degli Abbandonati (ultimi decenni del '500).
La sala degli argenti raccoglie lampade, croci, calici, pissidi e ostensori commissionati dalla Congregazione del Santissimo Sacramento, alcuni in stile barocchetto ligure-piemontese, altri prodotti da botteghe sarde.
Rari paramenti, appartenuti a papi e arcivescovi, sono esposti in apposite teche e armadi. Provenienti da donazioni di nobili famiglie e congregazioni, sono ricchi di simbologie e di richiami alla storia sacra e di stemmi. Degna di nota è la Pianeta della Passione, databile alla metà del '600 e attribuibile a ricamatori liguri, raffigurante Gesù in due momenti, in preghiera nell'orto del Getzemani e nel Pretorio.
L'archivio è composto dalla documentazione parrocchiale e dai fondi provenienti dalle arciconfraternite del SS.mo Sacramento, del S. Sepolcro e di S. Lucia. Conserva pergamene, volumi, registri e carte, datati dalla metà del '500 fino ai primi decenni del '900, che testimoniano l'operato della chiesa e delle congregazioni in campo religioso, economico e sociale e i loro rapporti con gli abitanti della Marina.
Dal museo si accede alla sottostante area archeologica visitabile col medesimo biglietto d'ingresso.

Il museo, situato negli ambienti adiacenti al Santuario di Bonaria e al convento dei Padri Mercedari, contiene le testimonianze della millenaria storia del colle di Bonaria e della devozione dei fedeli alla Madonna dei naviganti. Il corridoio del chiostro e tre sale costituiscono lo spazio espositivo.

Corridoio: quadretti votivi (XVIII-XIX secolo) e vari altri ex-voto tra i quali migliaia di cuori d'argento; la cassa di legno che conteneva la statua della Madonna.

Prima sala: testimonianze archeologiche del Colle, che, frequentato fin dal periodo nuragico, è stato sito di una necropoli tardo-punica e romana.

Seconda sala: numerosissimi modellini di navi (circa 150) di tutte le epoche; un'ancora d'argento offerta dalla Regina Margherita nel 1899, in ringraziamento per il buon esito della spedizione polare del nipote Luigi degli Abruzzi; le mummie della nobile famiglia spagnola degli Alagon, morta di peste nel 1605, conservatesi tra la roccia calcarea sotto il presbiterio del Santuario dove erano state seppellite.

Terza sala: tesoro, composto da preziosi arredi sacri, ex-voto donati da sovrani, come le corone d'oro di Vittorio Emanuele I e di Maria Teresa, da papi e altri personaggi illustri. Numerosi ex-voto come armi, catene e uova di struzzo (simbolo di resurrezione), venivano donati dagli schiavi liberati dai mercedari, attivamente impegnati nell'opera di affrancamento.

Inaugurato nel 2004, il Museo del Duomo si trova nei locali attigui alla Cattedrale di Santa Maria. Ospita una parte del Tesoro della Cattedrale, che include lasciti degli arcivescovi succedutisi nella Chiesa di Cagliari, donazioni di oggetti liturgici e numerosi argenti come calici, pissidi, ostensori, croci processionali, crocifissi, oltre a statue lignee e dipinti. Tra le opere più importanti vi sono: il Retablo dei Beneficiati, pala d'altare di tipo catalano a doppio trittico, realizzata intorno al 1527 nella bottega stampacina di Pietro Cavaro; il Compianto sul Cristo morto, gruppo di sette statue, risalente alla seconda metà del Quattrocento o ai primi del Cinquecento. Il Trittico di Clemente VII, attribuito al pittore fiammingo quattrocentesco Rogier van der Weyden, è legato a vicende storiche singolari. Trafugato, come molte altre opere d'arte e reliquie, durante il Sacco di Roma nel 1527, quindi abbandonato dopo una tempesta dai lanzichenecchi in fuga da Gaeta, fu ritrovato a Cagliari e restituito al suo proprietario, Giulio de' Medici, papa col nome di Clemente VII. Nel 1531, in segno di riconoscenza, il pontefice donò all'Arcivescovo di Cagliari il trittico e la Sacra Spina, reliquia anch'essa trafugata, con l'obbligo di esporli ogni anno in Cattedrale in occasione della solennità dell'Assunta. Il dipinto è costituito da tre pannelli: in quello centrale è raffigurata La Pietà, con la Vergine Addolorata a sinistra e Cristo incoronato di spine a destra; nello sportello laterale sinistro la Madonna col Bambino e Sant'Anna; in quello destro Santa Margherita e il drago.

Il museo è allestito presso il Convento dei Frati Minori Cappuccini di Sardegna, che per trentaquattro anni ospitò Fra' Nicola da Gesturi.

Il frate, vissuto dal 1882 al 1958 e dichiarato beato nel 1999 da papa Giovanni Paolo II, è ancora vivo nel cuore dei molti fedeli, soprattutto cagliaritani, che ne ricordano la bontà e le capacità taumaturgiche.

L'esposizione è allestita in un'ala del convento, prossima al chiostro, che fu anticamente il luogo di sepoltura dei frati. Gli ambienti, dai soffitti voltati, conservano oggetti personali e foto che ritraggono il frate in diversi momenti della vita, nonché le varie tappe del processo di beatificazione.

Ci sono la lapide della tumulazione nel cimitero di Bonaria e i resti della bara prima della traslazione del corpo nella chiesa di Sant'Ignazio. Notevoli le immagini del 10 giugno 1958, quando una folla immensa partecipò ai funerali.

In mostra i sai consunti del frate, il mantello, gli occhiali e tutti i poveri oggetti personali. Non mancano le cartelle con le testimonianze rese dalle persone al processo di beatificazione.

Nel museo trovano spazio anche diverse sculture in bronzo, sempre dedicate al frate di Gesturi per il quale è avviata la causa di canonizzazione.

L'esposizione comprende anche gli ex-voto e i preziosi del tesoro di Sant'Ignazio da Laconi (1701-81), nonché la bara di Fra' Nicola da San Vero Milis, morto in odore di santità (1631-1707).