Le 179 nicchie furono scoperte nel corso degli scavi effettuati sotto il presbiterio per volontà dell'arcivescovo de Esquivel, all'inizio del XVII secolo. Sopra ogni nicchia vi è una formella in marmo a bassorilievo del santo con il relativo nome ed i simboli del martirio. Il Santuario, scavato interamente sulla viva roccia, fu inaugurato il 27 novembre 1618, dopo una solenne processione con le reliquie dei Martiri, alla presenza delle autorità religiose e civili e con la partecipazione di tutto il popolo cristiano. Nel Santuario, vi sono racchiusi elementi architettonici e artistici del rinascimento, del barocco e del neoclassicismo. Sul pianerottolo che si trova sotto le scale in marmo che conducono al Santuario, vi è il sarcofago in marmo dell'arcivescovo Francisco de Esquivel, realizzato da Antonio Zelpi, ed un dipinto di scuola spagnola del XVII secolo raffigurante la Crocifissione su cui sono rappresentati lo stesso arcivescovo e i martiri cagliaritani. Ai lati del sarcofago sono presenti anche due lapidi che ricordano l'erezione e la consacrazione del Santuario avvenuta l'11 novembre 1618, e la traslazione delle reliquie, avvenuta il 27 novembre dello stesso anno.

Il Santuario dei Martiri è costituito da tre ambienti:

nella Cappella Centrale o della Madonna dei Martiri si trovano 66 nicchie. Sopra l'altare vi è una statua della Madonna col Bambino e ai lati San Giuseppe e Sant'Anna. Sopra le due porte laterali due lapidi ricordano le risposte di papa Paolo V e del re di Spagna Filippo III al ritrovamento delle reliquie.

Nella Cappella di San Lucifero, dedicata all'omonimo vescovo di Cagliari, vi sono sistemate 80 nicchie. Le ossa del santo, rinvenute il 21 giugno 1623 e traslate il 20 maggio 1626, sono collocate sotto la mensa dell'altare; sopra l'altare è invece posizionata la sua statua. Sopra la porta di ingresso sono affisse l'iscrizione originale, che si trovava nella tomba del santo ed il pezzo triangolare di marmo rinvenuto sul petto del vescovo. Nella cappella sono anche presenti un sarcofago di epoca romana contenente le ossa di sant'Antioco e il mausoleo in marmo bianco di Maria Giuseppina di Savoia, moglie di Luigi XVIII re di Francia, morta in esilio a Londra nel 1810 e traslata a Cagliari, per sua volontà, nel 1811.

La Cappella di San Saturnino, dedicata al patrono della città di Cagliari, fu edificata verso il 1620 e contiene 33 nicchie. Sopra l'altare, un sarcofago romano del II secolo (ritrovato nel 1621 nella basilica di San Saturnino) conserva le reliquie del santo. Al di sopra di esso, in una nicchia, è collocata la statua di San Saturnino. All'interno della cappella sono presenti altri due sarcofagi di epoca romana: uno collocato sopra la porta di ingresso che contiene reliquie di 10 santi, l'altro posto sulla parete dietro il monumento dedicato a Carlo Emanuele di Savoia contiene reliquie di 9 santi. In fondo alla cappella vi è il mausoleo di Carlo Emanuele di Savoia, morto di vaiolo all'età di due anni. Il monumento, realizzato nel 1799, è opera di Antonio Cano. In alto, due lunette in marmo realizzate nei primi anni del Settecento raffigurano San Pietro e la Madonna del Carmine.

Il Santuario di Nostra Signora di Bonaria è un complesso della città di Cagliari situato in Piazza Bonaria in cima al colle omonimo. Si tratta del Santuario più importante della Sardegna per la chiesa Cattolica, costituito da una chiesa di piccole dimensioni a cui si affianca un tempio più grande, elevato al titolo di Basilica Pontificia Minore da Pio XI nel 1926. Il Santuario della Vergine di Bonaria è officiato dai padri mercedari, che abitano l'adiacente convento, ed è sede parrocchiale del quartiere di Bonaria. L'Ordine di Santa Maria della Mercede è un ordine della chiesa Cattolica. L'ordine è stato fondato da San Pietro Nolasco che avendo nei suoi viaggi visto la condizione di molti schiavi cristiani, si dedicò, con alcuni compagni, alla liberazione di quei fratelli oppressi.

Nel XV secolo, nel sito dell'attuale chiesa, esisteva un oratorio dedicato a santa Rosalia. Nel 1740 la chiesa venne concessa ai Frati Minori Osservanti privi di sede dal 1718, anno della demolizione del convento di Santa Maria di Gesù (ubicato in viale Regina Margherita). In vista dell'arrivo dei frati, la chiesa di Santa Rosalia, affiancata da un convento, fu sottoposta a nuovi lavori ad opera dell'architetto militare Augusto della Vallea, che trasformò il tempio in stile barocchetto piemontese.

La parte più rilevante del tempio, dal punto di vista artistico, è la facciata in stile barocco, insieme all'adiacente portico, avente in passato la funzione di collegare le due parti del convento.

Il convento principale dei frati cappuccini sardi, luogo di residenza del Padre Provinciale, è costruito su un antico sito pagano sul colle di Buoncammino. Sotto il convento ci sono le famose grotte puniche trasformate dai romani in cave di pietra per costruire l’anfiteatro, al quale esse sono collegate da un cunicolo sotterraneo. Recenti ritrovamenti hanno messo in luce un graffito di eccezionale importanza per la presenza di martiri cristiani nelle grotte e per la datazione dell’evangelizzazione della Sardegna. Nel sec. XVII i frati cappuccini avevano adibito il convento a ospedale e seppellivano nelle grotte le vittime della peste. Il convento è quindi fondato sul luogo del sacrificio dei primi martiri cristiani e sui luoghi della carità eroica dei primi frati cappuccini. Il convento, chiamato anche Convento Maggiore fu realizzato l’11 ottobre del 1591. Un piccolo gruppo della riforma cappuccina nel 1525 giunse in Sardegna, con a capo il Padre Zefferino da Bergamo, mandato per fondare la Provincia Cappuccina di Sardegna. Il convento e la chiesa sono dedicati a Sant'Antonio di Padova. L’appellativo odierno di “Chiesa di Sant'Ignazio” è abbastanza recente, per la permanenza e la morte di fra’ Ignazio da Laconi (1701 - 1781) in questo convento; ma è soprattutto in seguito alla Beatificazione (1940) e la Santificazione (1951) di Sant'Ignazio che il convento viene familiarmente cosi chiamato dal popolo. Il convento nasce come luogo di preghiera e di penitenza, luogo di evangelizzazione, con i predicatori popolari, e di accoglienza dei poveri: i frati cappuccini servivano ogni giorno un piatto caldo, “la minestra del povero”, a tutti coloro che si presentavano alla porta del convento.

La chiesa venne fondata insieme al convento nel 1646 dal canonico Francesco Gaviano. In seguito al rinvenimento delle reliquie del martire cagliaritano Mauro (1620), nella necropoli della basilica di San Saturnino, fu denominata Chiesa di San Mauro. Si tratta di un'area precedentemente occupata da una chiesetta dedicata alla Vergine della Salute. Il convento include un interessante chiostro porticato, al centro del quale si trova un serbatoio utilizzato per la raccolta dell'acqua. Nel convento della Chiesa hanno sede il noviziato e lo studio di Teologia.

I domenicani giunsero a Cagliari nel 1254 dove costituirono una comunità nel quartiere Villanova; qui edificarono una chiesa conventuale nel punto in cui si trovava un'antica chiesa benedettina dedicata a Sant'Anna, successivamente inglobata nel chiostro. 

Inizialmente rimase l'intitolazione a Sant'Anna ma successivamente la struttura venne denominata "Convento di Castel di Castro".

Durante la dominazione aragonese l'edificio fu ricostruito in stile gotico-catalano, a spese dei sovrani d'Aragona, e il re di Spagna Carlo V gli concesse il titolo di Regio Convento. Nel 1943, in seguito ai bombardamenti sulla città, la struttura venne completamente distrutta.

Il sorgere dell'Ordine Carmelitano si riallaccia ad un gruppo di fedeli cristiani (penitenti, pellegrini) che, provenendo dall'Europa, si stabilirono nel Monte Carmelo più o meno nel periodo della terza crociata, 1189-1192. Essendo in atto l'occupazione dei Saraceni, che avevano conquistato Gerusalemme, i pellegrini dovevano trovare in Terra Santa dei luoghi sicuri. È questo uno dei motivi per cui dimorarono sul monte Carmelo, appartenente al Regno Latino e protetto da fortilizi militari. Il monte Carmelo è l'ultima parte di una catena montuosa in Terra Santa, oggi Israele. L'Ordine si compone di due famiglie: l'Ordine Carmelitano e l'Ordine dei Carmelitani Scalzi, che in un preciso momento storico si è scisso dal ceppo primitivo. Nei documenti ufficiali l'Ordine dei Carmelitani Scalzi è detto "Ordine dei Fratelli Scalzi della Beata Vergine Maria del Monte Carmelo". La Regola Carmelitana è la norma di vita di Sant'Alberto, data ai Carmelitani tra il 1206 e il 1214 mentre era Patriarca di Gerusalemme; fu approvata definitivamente come vera e propria Regola del Carmelo da Innocenzo IV nel 1247. La Regola carmelitana afferma che è fondamentale: "vivere nell'ossequio di Gesù Cristo e servire fedelmente a Lui con cuore puro e con buona coscienza".

Non son solo mattonelle. La collezione di riggiole, custodita in una bottega artigiana (ormai chiusa) di via Lamarmora, nel quartiere di Castello, è di eccezionale interesse storico-artistico. La Soprintendenza ne ha riconosciuto il valore dopo aver catalogato ben 126 reperti. Un pezzo di storia del passato di Cagliari, quando le antiche mattonelle in ceramica abbellivano gli appartamenti cittadini, con i loro tipici disegni e colori, e in particolare quelli di Castello. È qui che le antiche riggiole hanno trovato degna sistemazione, nel locale al piano terra di un palazzo del 1650 (tutelato dalla soprintendenza), a pochi passi dalla Cattedrale. Il “miracolo” di Mercedes Mariotti: ex professoressa, studiosa e appassionata dell'arte della ceramica che, dal 1992 a oggi, con la bottega di via Lamarmora, ha rianimato i vicoli di Castello. Ed è in questi 15 anni di attività che ha collezionato centinaia di riggiole del centro storico, molte venute alla luce durante i lavori di restauro del laboratorio artigiano, un tempo un «sottano maleodorante», oggi un locale da museo, con soffitto in ginepro, un dio Moloch e una croce templare incisi sulle pareti in pietra calcarea, due cisterne puniche (se non nuragiche) dentro le quali sono stati recuperati oggetti oggi esposti in vetrina (due vasi da notte in terracotta, vecchie grondaie, conchiglie, antiche boccettine di medicinali).

Nel corso del tempo la collezione si è arricchita di molte nuove riggiole che, anche se spesso uguali a quelle catalogate, arredano un ambiente diverso o vengono utilizzate come scambio. La quantità di pezzi interi o di frammenti conservati sfiora attualmente le mille unità.

Il Conservatorio delle Figlie della Provvidenza, risale al 1831. Anticamente collegio per nobili e nel XIX secolo sede di un' istituzione caritatevole per orfane, la sua ampia facciata neoclassica domina il lato est di piazza Indipendenza.

Il Conservatorio aveva, in origine, sede in una casa in via San Giuseppe (quartiere Castello) e si manteneva grazie alla carità cittadina e a sovvenzioni statali. L'istituto nacque per iniziativa di padre Gian Battista Vassallo della Compagnia di Gesù, con lo scopo di accogliere le fanciulle povere, educandole in maniera cristiana e insegnando loro i lavori necessari a diventare buone madri di famiglia.

Nel 1822 il Viceré conte D'Agliano introdusse diverse riforme volte al miglioramento dell'istituto e ne nominò amministratore il sacerdote Lorenzo Frassetto da Nulvi. Fu impiantata nell'istituto una fabbrica per la tessitura del cotone, del lino e della seta e le educande vennero addestrate in questi lavori. La crescita dell'istituto rese necessaria la ricerca di nuovi locali. Il governo cedette così al Conservatorio l'antico edificio del Collegio dei Nobili, sito nella piazza Indipendenza. Ricostruito e adattato alle nuove esigenze su progetto dell'ing. E. Marchesi, l'edificio fu occupato a partire dal 1831. Qui insegnò dal 1885 al 1889 Suor Giuseppina Nicoli, oggi beatificata.

Col tempo il Conservatorio funzionò da collegio per ragazze fino alla sua chiusura avvenuta alla fine degli anni '90.

Attualmente l'edificio è chiuso.

Il complesso archeologico di San Saturno è caratterizzato dalla presenza di un edificio di culto e di un'area funeraria tutt'attorno, cui si accede dall'attuale Piazza San Cosimo. L'area funeraria si estende nel settore settentrionale rispetto all'edificio di culto ed ospita parte della necropoli comprendente mausolei, sepolture a sarcofago, a tumulo, a cupa ed alla cappuccina.

La cronologia d'uso della necropoli si colloca a partire dall'età tardo repubblicana. Nei periodi successivi fu riutilizzata in maniera cospicua dalla comunità cristiana cagliaritana, anche se le testimonianze, sia archeologiche che epigrafiche relative a questa presenza, non consentono di determinare una continuità d'uso nel sito per tutta l'antichità.

I resti rinvenuti presso l'attigua chiesa di San Lucifero ci riportano ad un'utilizzazione a destinazione funeraria del sito di cui sfugge, attualmente, il legame sia con le preesistenze dell'area di San Saturno, sia del pozzo di San Cosimo.

La destinazione funeraria, relativamente ai differenti usi di questi spazi, rivela la problematica complessa della loro distribuzione e cronologia: recenti scavi infatti nella zona antistante l'edificio della Basilica di San Saturno, spazio occupato attualmente da una piazza di recente costruzione, hanno portato alla luce un pozzo quadrangolare, per il quale è invalsa l'ipotesi di una valenza sacrale nell'ambito dei culti ipogeici delle acque.